イチゴやウンシュウミカンのゲノムをダウンロードして眺めている話

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最近、ゲノムに興味があって、国際機関が公開しているイチゴやウンシュウミカンのゲノムデータをダウンロードして眺めています。

ゲノムデータはどこからダウンロードできる？

NCBIという米国の公的データベースから、誰でも無料で入手できます。

「ゲノムデータを見ている」と言うと、特別な立場の人しか手に入らないものだと思われるかもしれません。でも実際は、インターネットにつながっていれば誰でも無料でダウンロードできます。

私が使っているのは、アメリカ国立生物工学情報センター（NCBI）が公開しているNCBI Datasetsというサービスです。世界中の研究機関が解読したゲノムが集められていて、生き物の名前から探せるようになっています。

たとえばウンシュウミカンなら、生物には一つずつ「Taxonomy ID（分類ID）」という番号が振られていて、ウンシュウミカンは55188です。学名はCitrus unshiu、英語ではsatsuma mandarinと呼ばれています。この番号でNCBIのゲノム一覧を開くと、公開されているデータがずらりと出てきます。

手順としては、目的の生き物のページを開いて、公開されているゲノムアセンブリの一覧から一つ選び、ダウンロードボタンを押すだけです。そのとき、どの種類のデータを含めるかをチェックボックスで選べるようになっています。私はまずゲノム配列そのものを選んでダウンロードしました。

ダウンロードしたファイルには何が入っている？

AGCTの文字がひたすら並んだ、塩基配列のテキストファイルです。

実際に開いてみると、拍子抜けするほど素朴です。中身はテキストファイルで、AGCTという4種類の文字がひたすら並んでいます。これがそのままDNAの塩基配列です。

正直なところ、配列だけを眺めても、どこが意味のある部分なのかは分かりません。私がダウンロードしたものには遺伝子の位置を示すファイルは含まれていなかったので、今は純粋に「こういう形でデータが並んでいるのか」と眺めている段階です。NCBIでは配列以外のデータも選べるようになっているので、次はそちらも落としてみようと思っています。

ファイルサイズはそれなりに大きくなります。生き物によっては数百メガバイトになることもあるので、ダウンロードする前に容量を確認しておくと安心です。中身をちょっと覗いてみたいだけなら、ファイル全体を開かずに先頭部分だけを表示する方法もあります。

専門家でなくても、こうしたデータに触れられる時代になっているというのは、なかなかすごいことだと思います。興味がある方は、好きな果物や野菜の名前で一度探してみてください。意外と公開されています。

比較ゲノム学と呼べるレベルまでできている？

まだそのレベルには達していません。

とはいえ、まだ比較ゲノム学と呼べるようなことができているわけではありません。ダウンロードしたファイルの中身を見て、「こういう風にデータが組まれているのか」と一人で感心している段階です。それでも、実際のゲノムデータに触れているだけで十分楽しいです。

比較ゲノムのツールは無料で使える？

多くは有料で、気軽には手を出しにくいのが実情です。

本格的に比較ゲノム学をやろうとすると、専用のツールが必要になってきますが、有料のものも多く、気軽に手を出しにくいのが正直なところです。無料で使えるツールもあるので、少しずつ触りながら勉強していきたいと思っています。

遺伝子工学は生物学科で学んだ？

生物学科出身ではなく独学で学んでいます。

私は生物学科を出たわけではないので、遺伝子工学に関しては自己流で学んでいます。そんな独学の心強い味方になっているのが、この本です。

私が持っているのは第2版ですが、現在はカラーの図解がさらに充実した第3版が出ています。カラーイラストで遺伝子工学の仕組みが分かりやすく解説されていて、実験手法や最新のゲノム編集の話まで押さえられる一冊です。生物学の専門教育を受けていない私でも、無理なく読み進められました。独学で遺伝子工学を学びたい方には、おすすめできる一冊です。